В Институт истории, археологии и этнографии им. Ч. Валиханова Арнабай пришел в далеком 1988 году. Сначала работал в должности инженера, потом научного сотрудника, с 1991 г. – в Институте археологии им. А. Маргулана АН МОН РК в должности старшего научного сотрудника – ведущего научного сотрудника и заведующего отделом «Изучения номадизма и средневековой урбанизации», когда не стало академика К. М. Байпакова.