Бауыржан Әбішұлы Байтанаев 1962 ж. 1 қаңтарда Оңтүстік Қазақстан облысында ғалым-педагогтардың отбасында дүниеге келген. Ол Қазақстан тарихының күрт өзгерісті кезеңінде қалыптасуына тура келген ғалым ұрпақтарына жатады. 1980-ші жылдардағы қайта құру, оның ізін ала КСРО-ның құлауы, Қазақстанның тәуелсіздік алуы өзімен бірге гуманитарлық салада көрініс тапқан идеологиялық басымдықтың ауысуына алып келді. Экономикалық қиыншылықтармен байланысты өтпелі кезеңдегі қиын-қыстау жағдай тарих ғылымында ауыр кейіпте көрініс тапты. Осындай жағдайында ғылымды уақытша немесе біржолата тастап кеткендер аз болмады. Дәл осы қиын жылдарда Б.Ә. Байтанаев горбачёвтық қайта құру қарсаңында білім алып, ғылымға келіп, онда қалуға шешім қабылдады.

1979-1984 жылдары ол Шымкент педагогикалық институтының тарих факультетінде оқыды. Б.Ә. Байтанаевтың еңбек қызметі Институтты бітіргеннен кейін, Отырар мемлекеттік археологиялық қорық-музейінің аға ғылыми қызметкерлігімен басталады. 1987 жылы ол Оңтүстік Қазақстан облыстық тарихи-өлкетану музейіне ауысып, 1993 жылы тарих ғылымдарының кандидаты ғылыми дәрежесін алу үшін дайындалған диссертациясын қорғады.

2000 жылдан М.О. Әуезов атындағы ОҚМУ-дің «Қазақстан тарихы және музей ісі» кафедрасының доценті лауазымында және университеттің археологиялық экспедициясына жетекшілік етеді.

2002 жылдан М.О. Әуезов атындағы ОҚМУ-дің «Археология, этнология және музей ісі» кафедрасын басқарады. 2008 жылы «Ежелгі және орта ғасырлардағы Испиджаб» тақырыбы бойынша докторлық диссертация қорғады.

2010 жылы Ә.Х. Марғұлан атындағы Археология институтының Бас директорлығына тағайындалды.

2017 жылдың 1 маусымында ҚР ҮҒА академигі болып сайланды.

Б.Ә. Байтанаевтың жетекшілігімен және оның тікелей қатысуымен отандық археологияның өзекті бағыттары бойынша ғылыми жұмыстар жүргізіліп келеді. Тас ғасырының мәдениетін, далалық өркениетті, урбанизацияны, қала құрылысы мен архитектураны іргелі зерттеулерге бағытталған гранттық қаржыландыру шеңберіндегі жобалар жүргізіліп жатыр.

Ғалымның бастамасы бойынша Институтта – «Қазақстан палеоантропологиясын зерттеу мақсатты ғылыми-зерттеу зертханасы» қурылды.

Б.Ә. Байтанаев – археология ғылымы саласындағы республикадағы жетекші ғалымдардың бірі, Қазақстан археологиясы бойынша іргелі жұмыстардың авторы, 230 астам ғылыми еңбек, оның ішінде 15 монография жариялаған.